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Produits et services
Workflow automatisés appliqués aux bases de données de biologie
GetDB a été créé par Genomining pour répondre à la demande des
biologistes, bio informaticiens ou chercheurs qui souhaitent accéder
directement à des bases de données de biologie moléculaire multiples
et hétérogènes pour y rechercher des données triées et à jour.
GetDB fait gagner du temps.
GetDB permet la conception et l'éxécution automatique de workflows
sur des bases de données de biologie.
Les bases de données externes sont d'abord téléchargées et installées automatiquement de bases
sur le système de stockage. Des mécanismes de gestion des
évolutions de ces bases de données sont mis en oeuvre pour que seules
les nouveautés soient prises en compte. Au cours de l'installation
d'une base de données, GetDB vérifie que ces données sont exploitables
sur le plan syntaxique.
De manière à optimiser l'exploitation ultérieure des
données importées, GetDB assure automatiquement :
- Exécution automatique de workflows lorsqu'une base de donnée est mise à jour, - Méthodes génériques permettent l'integration de diverses bases de données, - reformattage automatique des bases de données, - la gestion et suppression des informations périmées, - Création de versions de référence, - la reprise sur incident de téléchargement, - le suivi des versions, volumes et taux d'utilisation, Des connecteurs logiques permettent de lancer des fonctions spécifiques (indexation, formatage et validation...) aux différentes étapes du téléchargement des données. Des outils sont fournis pour transformer des logiciels existants en plugins permettant la création de workflows puissants GetDB s'appuie sur des standards industriels reconnus (Linux, PostgreSQL, Perl). Installation et maintenance sont assurées par Genomining. Fiche GetDB (version anglaise) (format Acrobat/PDF) Cas d'étude (version anglaise) : - Mise à jour des annotations de puce ADN - Cartoraphie du génome et analyse statistique de site d'insertion de retrovirus - Mise à jour d'un version non-redondant de RefSeq - Mise à jour automatique d'un sous-ensembles de RefSeq UVSS : Universal Virtual Screening System 
Gestion automatisée de clusters de criblage virtuelSite dédié à UVSS Vous désirez déployer des pipelines de criblage virtuel de grande taille, vous utilisez des outils de docking multiples, vous souhaitez analyser leurs résultats de manière systématique et indépendante de ces outils, vous souhaitez un système tolérant aux fautes dans lequel les ligands erronés ou les pannes matérielles n'affectent pas le fonctionnement de vos pipelines ? Consultez alors les fonctionnalités de UVSS : il répond à ces besoins, et à bien d'autres. UVSS en un mot. UVSS vous permet de manipuler vos pipelines à travers un gestionnaire de batch avancé. Les utilisateurs se connectent sur votre cluster pour soumettre des pipelines. UVSS distribue les tâches à travers le gestionnaire de batch. Ces tâches exécutent des groupes de docking et vérifient les résultats. À la fin d'un pipeline, les données sont consolidées, les scores sont triés et une alerte mail est envoyée à l'utilisateur. en savoir plus... Consulting 
Conseils et Services pour accélérer et optimiser la
recherche de cibles thérapeutiques
L'équipe Genomining peut se prévaloir de compétences et d'expériences
rares à la fois en biologie moléculaire et en systèmes d'information.
Cette double spécificité permet à Genomining de
proposer des prestations « à la carte » aux industriels des sciences
de la vie :
- conseil lors de la mise en place de solutions de traitement de l'information issues de systèmes d'acquisition de données à haut débit, - aide à la recherche d'informations spécifiques, exhaustives et répétées dans le temps et à leur interprétation portant sur des objets biologiques, - développements spécifiques et rapides exploitant les outils disponibles chez Genomining pour optimiser la découverte d'informations biologiques et permettre d'accélérer et rationaliser les activités de recherche de cibles thérapeutiques. Exemples / expériences : Aide à la recherche d'information sur une protéine Aide à la mise en place d'une solution de bio informatique pour un groupe R&D de 100 personnes Mise en place d'un Intranet permettant aux chercheurs de retrouver la totalité de l'information relative à des cibles thérapeutiques Organisation de la phase d'acquisition de données d'un centre de production biologique haut débit, ou d'un projet particulier (ex: projet de séquençage, puces à ADN...) Annotation automatique de génomes Analyse de régions génomiques pour identifier des gènes candidats (maladies, traits particuliers...) Rapatriement et comparaison de types de données hétérogènes (ex: cartes génétiques, cDNA, étiquettes SAGE, signatures spectro de masse) en vue d'une annotation riche Activités de formation Activités de consulting Toutes ces missions sont menées selon les meilleures pratiques d'assurance qualité et de confidentialité. Documentations
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